Le maintien d'un juste équilibre entre les différentes formes d'azote présentes, soit le nitrate et l'ammonium, est également essentiel, car elles permettent toutes deux de réduire les effets de maladies des végétaux spécifiques (le nitrate amenuise les maladies causées par les espèces Fusarium, Botrytis, Rhizoctonia et Pythium, tandis que l'ammonium diminue la gravité des maladies issues des espèces Pyricularia, Gibberella et Sclerotium).
Phosphate
Les insuffisances en phosphate entraînent une réduction du rendement et une augmentation de la sensibilité des cultures aux maladies. Les carences en phosphore limitent le métabolisme et la croissance : la plante en cours de développement est alors vulnérable aux agents pathogènes. Les recherches ont montré que le mildiou est plus fréquent lorsque les taux d'applications phosphatées sont inférieurs à 50 %.
Potassium
Une hausse des infections de rouille est également imputable aux carences en potassium.
Manganèse
De nombreuses recherches indiquent que le manganèse est un agent de lutte efficace contre les maladies. Ses propriétés inhibitrices permettent d'enrayer le développement de champignons, en particulier du mildiou poudreux. Il participe également à la production de lignine et de subérine, qui renforcent la résistance physique des cellules végétales aux infections. Les plantes carencées en manganèse ne parviennent pas à métaboliser l'azote. Ce dernier s'accumule dans les feuilles sous forme de nitrate et constitue une source de nourriture pour les maladies telles que les rouilles et le mildiou, et entraîne une hausse des infections des cultures d'orge.